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长薄鳅为温水性底层鱼类,喜栖于江河中上游江段,江边水流较缓处的石砾缝间, 常集群在水底砂砾间或岩石缝隙中活动。 江河涨水时有溯水上游的习性。 是一种凶猛肉食性鱼类,主要捕食小鱼,尤其是底层小型鱼类。
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长薄鳅在长江中上游干支流的渔获物组成中曾占有一定比例,是产地的重要经济鱼类之一。但是,近年来因江河鱼类资源量总体下降,作为其食物的小杂鱼类明显减少,对长薄鳅的生长有一定影响;其次,江河中上流水土流失,水文条件的改变又使其索饵和产卵场所受到破坏;再加上过度捕捞等综合因素,使长薄鳅的天然资源锐减,种群数量明显下降。